Oprocentowanie w największym stopniu wpływa na ostateczny koszt kredytu hipotecznego. Na jego wysokość składają się dwa elementy.
Pierwszym jest stawka WIBOR (dla kredytów złotowych), LIBOR lub EURIBOR (dla kredytów walutowych). Stawki te są zmienne i wyrażają poziom oprocentowania pożyczek na rynku międzybankowym - jest to oprocentowanie po jakim banki pożyczają sobie pieniądze.
Na wysokość tych stawek wpływ ma wiele czynników, m.in. inflacja, poziom stóp procentowych ustalanych przez Radę Polityki Pieniężnej. Poziom tych stawek może zmieniać się w zasadzie codziennie. W przypadku kredytów hipotecznych podstawą do wyliczenia oprocentowania z reguły jest trzymiesięczna stawka WIBOR lub LIBOR. Oznacza to, że co trzy miesiące bank będzie weryfikował wysokość oprocentowania. Jeżeli na przykład WIBOR spadnie, bank przygotuje nowy harmonogram spłat, uwzględniający niższe oprocentowanie.
Drugim elementem, składającym się na wysokość oprocentowania, jest marża, a więc zarobek banku. Marża jest stała w całym okresie kredytowania. Ponieważ wysokość stawki WIBOR lub LIBOR jest taka sama dla wszystkich banków, instytucje finansowe mogą konkurować ze sobą właśnie marżą. Ustalana jest ona w drodze negocjacji klienta z bankiem. Najczęściej jednak jej wysokość zależy od stosunku kwoty kredytu do wartości zabezpieczenia, a więc wkładu własnego kredytobiorcy. Dodatkowo wpływ na wysokość marży może mieć też wartość kredytu.
W drugiej połowie 2008 roku banki znacząco podniosły marże kredytowe. Jeszcze w styczniu 2008 roku średnia marża kredytów w złotych wynosiła 1 pkt. proc., a kredytów we frankach szwajcarskich 1,4 pkt. proc. W lipcu 2009 roku marża wynosi średnio 3 pkt. proc. (kredyt złotowy) i 3,6 pkt. proc. (kredyt we frankach).
Oprocentowanie podawane jest w skali roku i naliczane jest od bieżącego salda zadłużenia.